František Mrázek byl 25. ledna 2006 zastřelen před svými kancelářemi v Durychově ulici v Praze 4. Útok uzavřel jednu kapitolu české polistopadové historie a stal se úvodní scénou filmu Příběh kmotra, který jeho život zpracovává od konce právě tímto činem.
Jak vzpomíná vyšetřovatel Karel Tichý v knize Kudy kráčel zločin, Mrázek v měsících před smrtí žil ve strachu o život a na veřejnosti se prakticky neobjevoval. Z kanceláře na adrese Durychova 101/66 chodil zřídka a převážně využíval pancéřované auto; do společnosti jezdil jen do hotelu Esplanade. Jeho kancelář v takzvaném zámečku, barokním domě mezi panelovými bloky, byla místem, kterého si policie i tajné služby dlouhodobě všímal.
Ve dnech před vraždou ho sledovali, ale pozdě odpoledne 25. ledna dostali policisté rozkaz stáhnout se. Po 19:30 (pražského času) Mrázek vyšel ze zámečku a se svým řidičem mířil k pancéřovému vozu. V tu chvíli zazněl výstřel. Pachatel, podle zjištění profesionálně připravený střelec, se musel ukrývat v křoví naproti budově, ležet na zmrzlé zemi a čekat na okamžik. Použitá munice byla upravena tak, aby způsobila co největší poškození životně důležitých orgánů; Mrázek útok nepřežil.
Mrázek rozlišoval mezi politiky, s nimiž spolupracoval, a těmi, které považoval za nepřátele, proti nimž shromažďoval kompromitující materiály. Investigativní novinář Jaroslav Kmenta uvádí, že mezi jeho cíle patřil tehdejší ministr vnitra Stanislav Gross a že Mrázek také usiloval o kompromitující informace na Vladimíra Špidlu. Na druhé straně udržoval blízké vztahy s Miroslavem Šloufem.
Po smrti se objevila řada verzí o objednatelích: zmíněni byli konkurenční aktéři i rodinné vendety, případně objednávka z vyšších míst. Podle Tichého kriminalisté podle jmen vědí, kdo za vraždou stojí, ale důkazy nejsou natolik průkazné, aby vedly k soudu. Mrázkův široký archiv údajně skončil neznámo kde; jeho fragmenty mají podle vyšetřovatele různí lidé.
